1937年抗戰(zhàn)全面爆發(fā)后，被中共山西省委派到太行山地區(qū)打游擊，建設(shè)抗日根據(jù)地。歷任晉冀豫抗日義勇軍三支隊隊長，太行區(qū)黨委宣傳科科長，太行區(qū)黨委城市部太原城委書記等。

　　1947年，在解放戰(zhàn)爭中隨劉鄧大軍南下，參加“挺進(jìn)大別山”和淮海戰(zhàn)役，領(lǐng)導(dǎo)所在的新解放區(qū)的土地改革和農(nóng)民運動，歷任中共中央原局秘書長等。

　　1949年新中國成立初期，任中共中央中南局秘書長兼政策研究室主任，中南區(qū)軍政委員會土地改革委員會副主任。

　　在領(lǐng)導(dǎo)中南新解放區(qū)的土地改革運動中，提出了分階段土改的主張，即先普遍發(fā)動群眾，剿匪反霸，建好農(nóng)會，再轉(zhuǎn)入分配土地，得到毛澤東的充分肯定。

　　1952年，調(diào)入中共中央農(nóng)村工作部任秘書長，兼國務(wù)院農(nóng)林辦公室副主任。

　　在農(nóng)業(yè)合作化運動的爭論中，支持鄧子恢“穩(wěn)步前進(jìn)”的主張(即堅持經(jīng)過新民主主義社會，多種經(jīng)濟并存，并利用有益于生產(chǎn)力發(fā)展的私有經(jīng)濟的思路)，受到點名批評，被解除職務(wù)。

　　1956年，調(diào)入中國科學(xué)院，歷任副秘書長、秘書長，兼院黨組副書記。

　　1966年“文革”開始后，被停職檢查，受到?jīng)_擊迫害。

　　1970年，到中國科學(xué)院在湖北潛江的五七干校監(jiān)督勞動。

　　1978年底十一屆三中全會后，得到徹底平反。

　　1979年，任國家農(nóng)業(yè)委員會副主任，負(fù)責(zé)中國農(nóng)村經(jīng)濟改革的政策研究。

　　1980年，提出可在貧困地區(qū)全面推廣土地家庭承包，其他地區(qū)也可以因地制宜。

　　1981年，受中央委托支持起草《全國農(nóng)村工作會議紀(jì)要》，肯定包產(chǎn)到戶的合法性，肯定了責(zé)任制長期不變，得到鄧小平和陳云的高度肯定。

　　1982年元旦，由杜潤生起草的《全國農(nóng)村工作會議紀(jì)要》成為當(dāng)年中央“一號文件”。此后，杜潤生多次接受中央委托，主持多個農(nóng)村政策文件的起草，為關(guān)于農(nóng)村工作的五個中央“一號文件”的出臺作出重大貢獻(xiàn)。

　　1983年，任中共中央書記處農(nóng)村政策研究室主任，兼國務(wù)院農(nóng)村發(fā)展研究中心主任，為家庭聯(lián)產(chǎn)承包責(zé)任制的倡導(dǎo)和推行做了大量工作。

　　1989年后，中共中央農(nóng)村政策研究室、國務(wù)院農(nóng)村發(fā)展研究中心先后撤銷。杜潤生離職后，繼續(xù)從事農(nóng)村經(jīng)濟和政策研究。

　　杜潤生是中共第十二次、第十三次全國代表大會代表，中共中央顧問委員會委員等。同時，還是全國人大財經(jīng)委員會委員、中國農(nóng)學(xué)會名譽會長、中國農(nóng)業(yè)經(jīng)濟學(xué)會理事長、中國合作經(jīng)濟學(xué)會會長、中國國土經(jīng)濟學(xué)研究會理事長、中國人民大學(xué)兼職教授等。